コメントで教えていただきました。レインボーさん、ありがとうございます！
root化した後、SO-02Gの「設定」→「端末情報」→「Androidバージョンアップ」と「ソフトウェア更新」にエラーが出るようになりました。
どうもsuバイナリの有無？を見ているようです。
対処法
こちらに詳細が載っていました。
それによると、SuperSUのsuバイナリが /system/app にあると引っかかるようです。
そこで紹介されていたSystemCleanupをインストールしてみましたが、SuperSUを見つけることができませんでした。
これはもしやと思い、SuperSUを起動してroot権を一時的に放棄（設定タブから「スーパーユーザーを有効化」のチェックを外す）してみたところ、
解消。
バージョンアップが必要な時はこれでよさそうですが、OTAでrootが維持できるのかはわからないので、いずれにしろこまめなバックアップは必須です。
そんな感じ。
スーパーユーザー有効化はずしたのですがソフトウェア更新できませんでした。
コメントありがとうございます。
申し訳ないのですがそれだけでは状況がわかりません。端末はSO-02Gですか？ROMは同じですか？
root取得方法、特にSUバイナリの場所は同じですか？
「スーパーユーザーを有効化」のチェックを外すとSUバイナリは削除されますか？
Busyboxは入れていますか？
ちょっと違っただけでも再現しないことがあります。
基本的には自己責任ですので、同じ症状をこちらで確認することは難しいです。
ちなみにTomさんにワイフはいません。募集中…
ありがとうございます。
ワイプの話……何話せばいいんでしょう（汗
フォーマットと違って領域別に消せる程度だと思いますが。システム領域、データ領域だけとか。
APPSLOGだけちょっとよくわかんないですけどｗ
基本的にあっちの国で「SD card」と言ったら「内部ストレージ」を指すように、システムと言われたらシステムルート、データと言われたら普段僕らが意識しているところの内部ストレージ（/storage/emulated/0）のことと捉えていいんじゃないでしょうかね？
ワイプの件、前者でお願いします。（笑）
もう少し自分で勉強してみます。
30日、31日の話も大変興味深く読ませていただきました。
これからも自己責任のもとrootを堪能していきます。
わ、ワイプについて…ですか。
えっと、左手薬指に指輪つけた女性の話と、TV画面の隅に小さく芸能人の顔を出す編集技術と、どっち話しましょうか（違
ちなみに今回の件ですが、表示されたメッセージでGoogle検索をかけたらヒットしましたｗ
トムさんすごいです~！！！
こんなに直ぐに原因だけでなく、対処法まで。私はなんの知識もありませんので感激です。
GXの時はこんなの出なかったよな~と思い質問させていただきましたが、なんかすっきりしました。
もともとLollipopが来たり、ソフトウェア更新があっても、その時はその時と割りきっていたのですが、
なんか気持ち悪くて。ありがとうござました。
コメントついでにもう一つお願いがありまして。一度ワイプについて、書いていただけるとありがたいなと。
時間がすんごくあるときで構いませんので。ワイプの種類とそれをワイプするとどうなるのか？等。
大変あつかましいお願いは承知しておりますが、みなさんさらっと流されるので、私には・・・。